با توجه به مصوبات باشگاه دانش‌پژوهان جوان در سال ۱۳۹۹، دو رشته‌ی فیزیک و کامپیوتر بعد از مرحله دوم یک آزمون عملی برای ورود به دوره تابستانی دارند. این آزمون‌ها به شرح زیر برگزار می‌شود:
– این آزمون ویژه‌ی المپیادهای کامپیوتر و فیزیک است.
– در المپیاد کامپیوتر به مدت دو روز و در المپیاد فیزیک به مدت یک روز (از پذیرفته‌شدگان دو برابر ظرفیت مرحله‌ی دوم) برگزار می‌شود.
– در پایان آزمون عملی المپیاد کامپیوتر نتیجه به شرکت‌کنندگان اعلام می‌شود و سپس درخواست‌های تجدیدنظر توسط کمیته‌ی علمی بررسی و پذیرفته‌شدگان نهایی برای شرکت در دوره‌ی آموزشی تابستان (حداکثر تا ۴۰ نفر) اعلام می‌شود.
– در پایان آزمون عملی المپیاد فیزیک، پس از بررسی درخواست‌های تجدیدنظر توسط کمیته‌ی علمی، براساس ۲۵ درصد نمره‌ی آزمون عملی و ۷۵ درصد نمره‌ی کسب شده در مرحله‌ی دوم تعداد حداکثر ۴۰ نفر برای شرکت در دوره‌ی آموزشی تابستانی انتخاب و معرفی می‌شوند.
